在交通运输部和上海市政府的支持下，1998年，航交所大胆对现代航运服务功能进行有效组合，组建了上海国际航运服务中心，将涉及航运有关的港、航、船、货代企业及海关、国检、边防、海事、金融保险、法律咨询等130多家单位引入服务中心集中办公，为会员企业提供“集中、便利、经济、高效”的“一条龙”服务。2003年10月1日起，“一门式”服务平台试行国内首个“5+2天”工作制，由此开始提供全年365天、一天24小时不间断的通关服务。该创新模式已向全国口岸推广。
　　 2012年3月，上海国际航运服务中心整体搬迁至杨树浦路18号。目前，上海国际航运服务中心承担着口岸集装箱90%以上的出口报关、40%的进口报关和出入境检验检疫局上海口岸100%的转口报检业务。